親代わりだった祖父を亡くした高校生・虎杖悠仁。彼は、病院にやって来た呪術高専の1年生・伏黒恵から、拾った呪物を引き渡すよう迫られるが...。
呪いの王・両面宿儺(すくな)を制御してみせる虎杖。その後、見知らぬ部屋で目を覚ました虎杖は、呪術高専の教師・五条悟から2つの選択肢を与えられる。
3人目の一年生、釘崎野薔薇と合流した虎杖たちは、そのまま六本木の廃ビルへ。五条は釘崎と虎杖に、廃ビル内の呪いをはらってくるよう課題を与える。
少年院で緊急事態が発生。虎杖たちは、呪胎とともに取り残された生存者の確認と救出に向かう。だが乗り込んだ現場で、無慈悲な現実と直面することに。
退避した伏黒の前に現れ、虎杖の体から心臓を抜き取る宿儺。虎杖が戻ってくることを信じて戦いを挑む伏黒に対して、宿儺は格の違いを見せつける。
宿儺の心の中で目を覚ます虎杖。宿儺は虎杖に、ある条件と引き替えに生き返らせてやると告げる。一方、虎杖の死に悔しさをかみしめる五条だが...。
学長との約束に向かう途中、特級呪霊・漏瑚(じょうご)の襲撃を受ける五条。だが彼は相手の攻撃を軽々とかわすばかりか、圧倒的な強さを見せつける。
交流会に向けて特訓に励む釘崎と伏黒の前に現れたのは、京都校の2年生・禪院(ぜんいん)真依と東堂葵。2人にケンカを吹っ掛けられ、応戦する伏黒たち。
学校をサボって映画館にやって来た高校生・吉野順平は、自分をいじめていた同級生たちが死んでいる現場を目撃。犯人らしき人物を追いかけるが...。
報復を望む吉野に対し、命に価値や重さなどないと説く真人。吉野の調査を任された虎杖は、補助監督の伊地知とともにアプローチを試みるが...。
呪力の制限を解き、真人相手に一級呪術師としての実力を見せつける七海。一方、伊地知の到着を待っている間、虎杖と吉野は映画の話題で盛り上がる。
七海の制止を振り切り、暴走する吉野を説得しようと試みる虎杖。吉野から真実を聞き、高専に来るよう誘う虎杖だが、そんな2人の前に真人が現れる。
改造人間からの襲撃を乗り越えた虎杖は、七海との息の合った連携攻撃で真人を追い詰める。身に迫る死を感じ取った真人は、恐るべき力を見せつける。
虎杖らの手を逃れ、夏油たちと合流した真人。一方、呪術高専では姉妹校との交流会が開催。虎杖は五条にそそのかされ、サプライズで登場することに。
姉妹校交流会の団体戦が始まった。開始早々に襲いかかってきた東堂に、足止め役を任された虎杖が挑む。東堂のパワーに圧倒される虎杖だが...。
呪力の使い方について助言を受ける虎杖と、彼を全力で導こうとする東堂。一方、釘崎が京都校の西宮桃を挑発して、もうひとつの戦いが幕を開ける。
等級には表れない禪院(ぜんいん)真希の強さに、驚かされる三輪霞。その頃、釘崎は真依の苦労を語る西宮の言葉をバッサリと切り捨て、反撃に出る。
自分の血を操って戦う御三家の嫡男・加茂に、式神と体術で対抗する伏黒。その頃、呪言を使って三輪を強制退場させた狗巻は、不穏な気配を感じ取る。
交流会に乱入してきた特級呪霊・花御(はなみ)に追い詰められる伏黒と狗巻、加茂の3人。駆けつけた真希は伏黒と連携し、花御を攻め立てるが...。
自称53万のIQで花御の行動を分析し、トリッキーな術式で戦いを挑む東堂。連携する虎杖は連続で黒閃(こくせん)をたたき込み、花御を追い込む。
特級呪物の強奪に成功し、五条の封印に向けて準備を進める真人たち。高専の交流会もそのまま中止になるかと思いきや、野球で決着をつけることに!?
3人の男が似た状況で呪霊に殺されるという事件が発生し、その調査に赴く虎杖たち。被害者が在籍していた中学校が、伏黒の母校だったことが判明する。
八十八橋の呪いに加え、特級呪物"呪胎九相図"の1体・血塗(けちず)と戦う虎杖たち。結界の外に引っ張りだされた釘崎の前に、新たな敵が現れる。
壊相(えそう)・血塗の兄弟の血を浴び、体内から腐食が始まる虎杖と釘崎。窮地に立たされるものの、釘崎は共鳴りを発動させて兄弟に我慢比べを挑む。
多数の行方不明者が出ているという洋館の調査に赴く歌姫と冥冥。呪霊の結界術に気づいた2人は結界を破ろうとするが、突如として建物が崩壊。宙に放り出された歌姫の前に、ある人物が現れる。
天元との適合者である星漿体の少女、天内理子。その護衛と抹消という任務を課された五条と夏油は、ホテルでの襲撃を退けることに成功。使用人の黒井と合流した2人は理子の学校へ向かうことに。
天内の携帯電話に、何者かに捕らえられた黒井の写真が送られてくる。犯人が人質交換を持ちかけてくると考え、天内を高専に連れ帰ろうとする五条。だが、天内は自分も取引に行くと言い張る。
突如現れた伏黒甚爾から、五条を殺したと告げられる夏油。激高した夏油は呪霊を召喚して甚爾に攻撃を仕掛けるものの、まったくダメージを与えられないばかりか、逆に窮地に追い込まれてしまう。
2007年8月。"最強"になり、任務もすべてひとりでこなすようになった五条。必然的に、夏油もひとりで行動することが増えていた。そんなある日、夏油の前にある人物が現れる。
2018年のある日、任務を終えた虎杖は映画に、釘崎は買い物に行こうとするが、そんな彼らを横目に伏黒は伊地知の車で帰路につく。虎杖と別れ、買い物を終えた釘崎は、ある女性に話しかけられる。
動く肢体を得るため、呪霊側に通じていた京都校のメカ丸こと与幸吉。真人との戦いを余儀なくされた彼は、密かに準備してきた究極メカ丸絶対形態(モード・アブソリュート)に乗り込み応戦する。
2018年10月31日、渋谷に"帳(とばり)"が降ろされる。被害を最小限に抑えるため、単独で渋谷駅地下ホームへ向かう五条。一方、冥冥に同行していた虎杖は人語を解する呪霊と遭遇する。
漏瑚と花御、脹相を圧倒し、追い詰めていく五条。しかし漏瑚たちの狙いは、獄門疆(ごくもんきょう)で五条を封印することにあった。さらにそこに、大量の改造人間を引き連れた真人が参戦する。
真人を追って渋谷駅に向かう虎杖のもとに、小さなメカ丸が現れる。メカ丸から五条が封印されたと聞き、半信半疑の虎杖たち。だがメカ丸の説明で状況をのみ込むと、五条奪還のために動き出す。
あえて結界の外の目立つ場所に結界の基を置くことで、強度を上げていることに思い至る虎杖たち。渋谷のセルリアンタワーへと赴く一同だが、そこには呪詛(じゅそ)師たちが待ち構えていた。
粟坂の術式を攻略し、術師を入れない"帳"を解く虎杖たち。一方、七海は何者かに刺され、倒れている伊地知を発見。その少し前、伊地知のもとへ向かおうとする釘崎たちの前に呪詛師が現れる。
狗巻の助けもあり、渋谷駅構内にたどり着く虎杖。そんな虎杖の前に現れた脹相は、問答無用で彼に襲いかかる。戦いの最中、脹相は苦戦する虎杖に対して弟が最期に何か言い残したかと問いかける。
夏油の皮を被った何者かによって呼び出された、特級特定疾病呪霊と対峙(たいじ)する冥冥と憂憂。一方、重面を撃破した七海は真希や直毘人らと合流するが、能力未知数の呪霊と遭遇する。
特級呪霊・陀艮の領域展開により、窮地に追い込まれる七海、真希、直毘人。伏黒の加勢で活路を見いだす七海たちだが、そこに甚爾が乱入する。暴走状態の甚爾は、そのまま陀艮に攻撃を仕掛ける。
目を覚ました宿儺は、漏瑚に対しすさまじい強さを見せつける。一方、互いのことを知らないまま、伏黒と暴走する甚爾が激突。圧倒的な甚爾を相手に、伏黒はギリギリの攻防を繰り広げるが...。
甚爾との戦闘で深手を負った伏黒は、たまたま居合わせた重面から不意打ちを受けてしまう。なんとか道玄坂の交差点にたどり着いた伏黒は、自身の術式"十種影法術"である式神を呼び起こす。
渋谷の街を壊し、あまたの人を殺し、伏黒の式神を破った宿儺。目覚めた虎杖はその凄惨な状況を目の当たりにする。一方、もうろうとしながらも改造人間をはらい続ける七海の前に真人が現れる。
一進一退の闘いを繰り広げながらも、一般人を利用した真人の策に苦戦する虎杖。その頃、戦場に舞い戻った釘崎は、真人の分身体と遭遇する。真人の術式に警戒しながら応戦する釘崎だが...。
惨状を前に、ぼう然と立ち尽くす虎杖。彼の心はもう限界を超えていた。一方、思い描く理想の展開に興奮する真人は、さらに虎杖に追い打ちをかける。ついにとどめを刺そうとする真人だが...。
ついに虎杖、東堂、真人による最後の呪い合いが始まった。幾魂異性体を使って虎杖と東堂を引き離し、一気に勝負をつけようとする真人。虎杖は猛攻撃をかいくぐりながら、真人に近づいていく。
虎杖と真人の戦いに決着がついたかと思われた瞬間、夏油の皮をかぶった何者かが真人に声をかける。その男に立ち向かおうとする虎杖だが、相手が繰り出す夏油の呪霊操術によって阻まれてしまう。
渋谷事変の最終局面で、夏油のなきがらに寄生する"黒幕"の正体に気づく脹相。そして絶体絶命の危機に、特級術師・九十九由基が現れる。九十九と"黒幕"は、それぞれ人類の未来について語る。