人々は街を巨大な壁で囲み、巨人の脅威から身を守っていた。壁外の探索に出た調査兵団が帰還する日、外の世界に憧れる少年、エレンが見たものとは…。
巨人は逃げ惑う人々をつまみあげ、次々と口の中へ放り込む。目の前にいた母を救えず、無力さに打ちのめされたエレンは、巨人への憎しみを募らせる。
巨人を倒す術を身に付けるため、訓練兵団に入ったエレン達。厳しい訓練の中で同期達と切磋琢磨するものの、エレンは思わぬ壁にぶつかってしまう。
訓練兵団に入って3年が経ち、卒団の時期が近づいていた。成績上位者は、内地で憲兵団に入る資格を得る。だが、エレンは、ある矛盾に気づいてしまう。
あの惨劇から5年、エレンは、ウォール・マリア破壊のきっかけとなった巨人と対峙。迫りくる巨人達を前に、エレン達は一矢報いることができるのか?
巨人の前に、次々と散ってゆく仲間達。アルミンは、残酷すぎる現実を受け入れられない。同じ頃、ミカサは、エレンと出会った日のことを回想していた。
訓練兵達の立体機動装置用ガスは不足し、撤退は絶望的。補給部隊が籠城した駐屯兵団本部には、巨人が群がっていた。ミカサは、本部奪還の先陣を切る。
ミカサを救った巨人を利用して駐屯兵団本部の巨人達を倒せないか、と提案するアルミン。ミカサが本部を目指す中、ジャン達は一足早く本部へ到着する。
巨人の餌食となったエレンは、自らを巨人と化して仲間達の窮地を救った。だが、それを信じられない駐屯兵団は、武器を手にしてエレン達を詰問する。
砲弾がエレン達へ放たれた刹那、エレンは上半身を巨人化させてミカサとアルミンを守った。恐怖と不安に駆られた人々を前に、エレンは選択を迫られる。
ピクシス司令が明かしたトロスト区奪還作戦。その中で、巨人化したエレンは重要な鍵を握る。自身の力に半信半疑なエレンだが、強い決意で作戦に臨む。
なんと、巨人化したエレンは、ミカサに拳を振り下ろす。作戦は、いきなり暗礁に乗り上げてしまった。制御不能となったエレンに、巨人達が接近する。
アルミンの必死の声に応え、巨人化したエレンは大岩を運び始めた。精鋭班の戦士達は、命を投げ打って巨人からエレンを守る。果たして、作戦の行方は?
巨人化できるエレンを恐れる者もいれば、称える者もいる。エレンを憲兵団と調査兵団のどちらに引き渡すか決めるべく、中央政府による審議が始まった。
調査兵団特別作戦班、通称"リヴァイ班"に所属することになったエレン。メンバーは、個性的な精鋭揃い。そんな中、ハンジは巨人の実験について語る。
生け捕りにした巨人が殺された件で、疑いの目を向けられる訓練兵達。1人ずつ、調査を受けることに。そんな中、彼らに所属兵団を決める時期が訪れる。
エレン達を加えた調査兵団は、壁外調査に出発。戦闘を避けながら目的地を目指す中、知性を備えた女型の巨人が出現。アルミンは、窮地に立たされる。
女型の巨人によって、壊滅的な打撃を受けた調査兵団。だが、指令班の決断は作戦続行。女型の巨人は団員達を蹂躙しながら、エレンとリヴァイ班に迫る。
リヴァイ班の面々は、女型の巨人と戦う仲間に加勢せず、ただひたすらに馬を走らせる。戦わない理由を問うエレンに、リヴァイはある選択を投げかける。
数多の犠牲を払い、ついに女型の巨人を捕獲。一同は、ようやくエルヴィン団長の真意を知る。動けない女型の巨人は、断末魔の悲鳴をあげるのだが…。
女型の巨人の中にいた人物は、調査兵団員に紛れ込んでエレンを追っていた。グンタがやられると、女型の巨人が再び出現。戦士達は、決死の闘いを挑む。
エレンを奪還すべく、女型の巨人を追うミカサとリヴァイ。リヴァイは人間離れした動きで攻撃し、ついに女型の巨人の動きを止めることに成功する。
作戦は失敗し、エルヴィンら責任者は王都に召集された。さらに、エレンの引き渡しが決定。そんな中、憲兵団に所属するアニは、ある任務を命じられる。
女型の巨人となり、死にもの狂いでエレンを捕えようとするアニ。地下通路に逃れたエレンは、ミカサやアルミンを守るために巨人化を試みるのだが…。
激しく戦う巨人化したエレンと女型の巨人。ストヘス区市街には、甚大な被害が及んでいた。その責任を問われたエルヴィンは、毅然と銃口の前に立つ。
女型の巨人との戦闘後、壁の中から巨人が発見され、ハンジはニック司祭を問い詰める。その12時間前、巨人の群れがウォール・ローゼを突破していた。
故郷の村にたどり着いたサシャは、その先で凄惨な光景を目撃する。一方、ウォール・ローゼへと急ぐエレンたちの中には、何故かニック司祭の姿があった。
無人となった故郷でコニーが倒れた巨人を目にしていた頃、リコたちは東防衛線で巨人と交戦。胸騒ぎのなかで、それぞれに巨人出現から最初の夜を迎える。
古城跡で夜を明かす南班と西班。ライナーは、コニーの話に対するユミルの態度に疑問を持つが、その時すでに城は大勢の巨人に取り囲まれていて…。
エレンたちが訓練兵団だった頃、雪山での訓練後に遭難したクリスタとユミル。吹雪のなか、一同は体調を崩したダズを引きずり、山のふもとを目指すが?
ユミルと調査兵団により、巨人の群れは撃退された。だが巨人の現れた穴はどこにも見当たらず、疑問を抱えたままのエレンたちは待機を続けることに。
"鎧の巨人"に対し、自分も巨人化し対抗するエレン。一方の調査兵団は"超大型巨人"に襲いかかるものの、吹き出す蒸気に近づくことすらできない。
あと一歩のところで鎧の巨人に連れ去られてしまったエレン。一方、超大型巨人が発生させた熱と風圧に倒れたミカサは、エレンの敗北を知り涙を落とす。
戦いに敗れ、巨大樹の森で目を覚ましたエレン。そこには、彼と同じ巨人化の能力を持つ者たちがあった。夜を待つエレンに対し、ある人物が話しかける。
エレンの奪還を目指し、巨大樹の森にたどり着く調査兵団の精鋭たち。そんななか、クリスタの救出を焦るユミルは、貧民街で暮らしていた頃を思い出す。
森に突入しようとするエルヴィンの前に姿を現す鎧の巨人。そこには囚われの身となったエレンの姿もあった。果敢に攻撃を仕掛けるミカサだが...。
巨人の大群が鎧の巨人に襲いかかるなか、調査兵団はエレンの奪還に成功。さらに戦場から退避中、落馬したエレンとミカサの前に憎き仇が姿をみせる。
リヴァイ班に編入されたエレンたち。ハンジは巨人化したエレンの体を、自在に硬質化する方法を探る。そこへ、ニック司祭が殺されたという知らせが。
憲兵団の面々にさらわれたエレンとヒストリア。あとを追うリヴァイの前に立ちはだかったのは、彼と因縁浅からぬ仲である憲兵団の隊長・ケニーだった。
父を名乗るロッド・レイスから、自分が王家の血を引く存在だと聞かされるヒストリア。ハンジは憲兵から得た情報を手に、エルヴィンのもとへ向かう。
調査兵団が潜伏する森を探索中、逆に拘束されてしまった憲兵団のマルロとヒッチ。憲兵団のやり方に疑問を抱くマルロは、リヴァイらに協力を申し出る。
王の間で裁判を受けるエルヴィン。判決が下り、処刑が行われようとしたそのとき、超大型巨人と鎧の巨人がウォール・ローゼを突破したとの連絡が入る。
礼拝堂の地下で目覚めたエレンの前に現れるヒストリアと彼女の父・ロッド。2人が背中に触れると、エレンの脳裏に5年前の悲劇の真相が浮かび上がる。
ロッドがヒストリアを巨人に変えようとしたその時、リヴァイら調査兵団が礼拝堂の地下を襲撃。すさまじい空中戦の中、ハンジが負傷し、倒れてしまう。
薬品を体内に取り込み、超大型巨人をも超える巨人と化すロッド。絶望的な状況の中でも希望を捨てない仲間の姿を目にして、エレンはある決断を下す。
木々を焼き払いながら進む、巨人化したロッド。かつてない大きさの巨人を前にエルヴィンは、住民をおとりに使い、外壁で迎え撃つという計画を立てる。
ボロボロになりながらも、崩落現場を逃げのびたケニーの脳裏に浮かぶのは、壮絶なその生涯。再び意識を取り戻した彼の前に、リヴァイが姿を見せる。
戴冠から2ヵ月、人々から親しみを込めて"牛飼いの女神様"と呼ばれるヒストリア。調査兵団は、エレンの硬質化能力をもとに対巨人兵器を開発する。
調査兵団の悲願である、ウォール・マリア奪還作戦の決行が2日後に決まった。出陣を控えるよう進言するリヴァイに対し、エルヴィンは固い決意を示す。
ウォール・マリア奪還を目指し、夜の森を進む調査兵団。恐怖で手が震えていたところ、アルミンに声をかけられたエレンは、これまでのことを思い出す。
ウォール・マリアで巨人の大群に取り囲まれた調査兵団。エルヴィンの指揮のもと、一同は移動手段の馬を死守しながら、鎧の巨人の打倒に全力を傾ける。
呪われた歴史に終止符を打つべく、計画を実行に移すライナー。彼が巨人化した"鎧の巨人"は調査兵団の攻撃を受け、動きを止めたかに見えたが...。
超大型巨人が暴れ回り、炎に包まれるシガンシナ区。一方、壁の外にいるリヴァイたちは、獣の巨人が投げる石つぶての嵐に、後退を余儀なくされる。
決死の覚悟で、獣の巨人に突撃する新兵たち。戦局を打開したのはリヴァイだった。一方、超大型巨人の異変に気づいたアルミンはある作戦を思いつく。
黒焦げになりひん死状態のアルミンと、重傷を負ったエルヴィン団長。1本しかない巨人化の注射をどちらに打つべきか、リヴァイが下した判断は...。
シガンシナ区の壁の封鎖には成功したものの、団員の多くを失った調査兵団。エレンは仲間とともに、巨人の謎が隠されているという自身の生家に向かう。
地下室で見つかったエレンの父・グリシャが残した本。そこには、子供時代の父が受けた理不尽な迫害、そして世界に関する驚くべき真実が書かれていた。
"進撃の巨人"を宿した男、エレン・クルーガーによって助け出されたグリシャ。クルーガーは彼に"始祖の巨人"を持ち主から奪うよう、任務を託す。
グリシャが遺した手記から、世界の姿が明らかに。公表された事実に人々は動揺する。勲章の授与を待つ間、フロックたちは言い争いを始めるが...。
砲弾が激しく飛び交う戦場で意識を取り戻した少年兵・ファルコ。兄・コルトに助け出され、味方の陣地に戻ったファルコは、仲間のガビたちと合流する。
パラディ島の奪還作戦を再開するよう、マーレ軍上層部に進言するジーク・イェーガー。ライナーは、戦場から戻ったファルコやガビたちのもとを訪れる。
故郷に戻り、戦士を目指した子供の頃を思い出すライナー。巨人の力を継承し、名誉マーレ人の称号を手に入れたライナーは戦地へと旅立つのだが...。
クルーガーと名乗る男から、家族に無事を伝える手紙を託されるファルコ。戦士隊の隊長・マガトはタイバー家の当主・ヴィリーから突然の訪問を受ける。
思わぬ再会に驚くライナーと、そんな彼に諭すように話しかけるエレン。一方、広場では世界中の注目が集まる中、ヴィリーの演説が始まろうとしていた。
演説の最中、突如現れた巨人に丸飲みにされるヴィリー。パニックに陥った観客が逃げまどう中、ヴィリーの妹が戦鎚(せんつい)の巨人へと変身する。
意識を取り戻したファルコが目にしたのは、激しく飛び回り、獣の巨人たちと交戦する調査兵団の姿。マーレ軍による包囲網が刻一刻とエレンたちに迫る。
怒りを胸に、銃を抱えて外に飛び出したガビと彼女の後を追うファルコ。ミカサとともに退却する飛行船にたどり着いたエレンは、リヴァイに拘束される。
3年前。パラディ島に乗り込んだマーレの部隊の前に姿を見せる、人質を取ったリヴァイとエレンたち。そのとき、部隊のイェレナが思わぬ行動に出る。
港を開いたパラディ島は、唯一の友好国であるヒィズル国からの特使を受け入れる。特使から提示されたジークの計画に対し、エレンは拒否の姿勢を示す。
脱走したガビとファルコに救いの手を差し伸べたのは、カヤと名乗る少女だった。一方のハンジは、エレンを解放すべきだと主張するフロックたちと話す。
エレンの解放を求める人々が兵団本部を取り囲む中、アルミンはミカサと合流。エレンとの密会を認めたイェレナに、ピクシス司令は詳細を話すよう迫る。
マーレ人シェフのニコロから、料理を振る舞いたいと招待を受けたブラウス一家。助けを求めてニコロを頼るガビたちだが、事態は思わぬ展開を見せる。
なぜマーレ襲撃に至る選択をしたのか、エレンを問いただすアルミンとミカサ。自分は自由意志を手にしたと話すエレンは、2人に鋭い言葉を突きつける。
子供の頃から、エルディア人として迫害を受けながら育ったジーク。訓練にも落ちこぼれ孤独を募らせるジークは、巨人学の研究者・クサヴァーと出会う。
アルミンやミカサたちの前に現れたイェレナは、自分たちの本当の計画を打ち明ける。一方のエレンはガビのもとを訪れ、自分に協力してほしいと告げる。
降りしきる雨の中で、血まみれになったリヴァイを抱きかかえるハンジ。近くにいた謎の巨人を包み込む蒸気の中から姿を現したのは、あのジークだった。
エレンの真意はわからないものの、彼を助けるために動き始めるミカサとアルミンたち。巨人たちが激しくぶつかり合う中、戦場にジークが姿を現す。
事態の鍵を握る獣の巨人と始祖の巨人を目指し、争いを繰り広げる人々。コルトから、ファルコが彼の脊髄液を口にしたことを告げられるジークだが...。
始祖の巨人の力を使い、父グリシャの記憶をたどっていくエレンとジーク。そのなかでジークは、なぜ自分を裏切ったのか、エレンに理由を問いかける。
すべてのユミルの民から生殖能力を奪うよう命じるジークの言葉に従い、座標に向けて歩き始める始祖ユミル。かつてユミルを襲った悲劇が明らかになる。
絶望的な状況に追い込まれながらも、ファルコの捜索を諦めようとしないガビ。一方、ファルコの処遇をめぐって言い争うジャンたちに巨人が襲いかかる。
壁の巨人の出現によって混乱が広がる中、目を覚ましたアニと顔を合わせるヒッチ。街の外へと向かう途上、アニはヒッチに自分の身の上を話し始める。
マガトたちの前に現れたリヴァイは、彼らに自分の目的がジークを殺すことだと告げる。一方、ファルコを連れたコニーは、母のいるラガコ村に到着する。
エレンを止めるため、ミカサやジャンに協力を求めるハンジ。再び森でマガトたちと合流するハンジたちだが、ジャンとマガトが言い争いを始めてしまう。
港の襲撃を提案するアニに対して、抵抗感を示すコニーやミカサたち。それでもなんとか飛行艇を手に入れようと、アルミンたちは思い切った手段に出る。
追い詰められたハンジたちに、キヨミは大陸で飛行艇を整備する方法を提案。必死に戦う巨人たちの姿を目にしたファルコは、たまらず飛び出してしまう。
マーレの港町オディハに到着したミカサたちは、初めて目にする壁の外の世界に興奮を隠せない。そんな中、リヴァイはスリの少年を捕まえるが...。
始祖の巨人の力に目覚めたエレンは、葛藤の果てにパラディ島の外にある世界を滅ぼす道を選ぶ。エレンの力で動き出した壁の巨人たちは、進路上にあるすべてを踏み潰し、無数の生命を奪っていく。
港町・オディハで飛行艇を確保するハンジたち。そんな中、戦いに参加する意義を見いだせなくなったアニは、船で戦線を離脱することに。彼女を見送った後、飛行艇の整備を進める一行だが...。
オディハを出て、地鳴らしの進路であるスラトア要塞へと向かうアルミンたちは、飛行艇の機内でエレンを止めるための作戦を話し合う。そんな中、一行はエレンによって"座標"へと呼び出される。
スラトア要塞の上空に到達したアルミンたちは、次々と降下を開始。獣の巨人に攻撃を仕掛けるものの、ジークの本体を発見できないでいた。さらに隙を突かれたアルミンが、敵に捕獲されてしまう。
ライナーたちの援護を受けながら、起爆のタイミングをうかがうジャン。一方のファルコとミカサは、オカピの巨人を追うことに。敵に捕まったアルミンは、今の自分にできることをやろうと考える。
ジークが意識を取り戻したことで戦況は一変し、アルミンは無事に生還を果たす。そしてジークがリヴァイに首をはねられ、ついに地鳴らしが止まる。だが、戦いはまだ終わったわけではなかった。
"天と地の戦い"は終結した。ユミルを縛り続けていたものの正体、そして彼女を解放する力を持った人間がミカサだったこと。エレンがすべてを打ち明けていたことをアルミンはようやく思い出す。